Gadadhara Pandita családja Chittagongból származik és a Varendra Srení brahmana nemzetséghez tartozik, amely a Kasyapa-gotra része. Édesapja neve Madhava Misra, édesanyjáé pedig Ratnavatí. Gadadhara valószínűleg 1487-ben jelent meg, egy évvel Srí Caitanya Mahaprabhu megjelenése után és volt egy Vanínatha nevű bátyja. Tizenhárom éves korában Navadvípába költözött, anyai nagybátyja házába, és Nímai legbensőségesebb barátja lett, főleg azután, hogy Caitanya visszatért Gayaból és elkezdte sankírtana-kedvteléseit.
Gadai (így nevezték Gadadharát gyermekkorában) és Gaura kedvenc időtöltése az volt, hogy Radha és Krisna kedvteléseiről beszélgettek, minden idejüket együtt töltötték, még együtt is aludtak. Ez nem meglepő, hiszen Gadadhara Pandita Srímatí Radharaní kiterjedése. Amikor Mahaprabhu, Narahari Sarakara Thakura és Gadadhara Pandita eksztatikus kírtanát rendezett Srívasa Thakura házában, az udvar átalakult Vrindavanavá, Gauranga a feketés Krisnavá, Gadadhara Radharaní arany formáját vette fel, Narahari pedig Madhumatí, Srí Radha bizalmas gopí barátnőjének formáját vette fel. A jelenlevő bensőséges bhakták látták, hogy a kírtana nem különbözik a rasa-lílatól.
Egy nap Gadadhara néhány pán (bétel)-levelet hozott Mahaprabhunak, aki kétségbeesetten kérdezte tőle:
1. Hol van az én Krisnám a csodálatos sárga ruhájában?
Gadadhara elnémult. Mint mondhatott volna erre?
2. Krisna mindig a szívedben lakik.
Ekkor Mahaprabhu hirtelen elkezdte tépni a mellkasát a körmeivel. Gadai döbbenetét leküzdve próbálta lecsillapítani Caitanyat:
1. Krisna mindjárt jön, kérlek nyugodj meg!
Sací mama távolról nézte a jelenetet, és elcsodálkozott (persze nagyon örült is), hogy ez a kisfiú ilyen szépen meg tudta nyugtatni Nimait, miközben ő a közelébe se mert menni. Ezután azt mondta Gadainak:
1. Kedves gyermekem, kérlek maradj mindig Nimai mellett, és soha ne hagyd el őt!
Egyesek szerint Sací fentebb említett kérése volt az egyik oka, hogy Radharaní elfogadta egy férfi formáját. Narottama dasaa Thakura leírja, hogy Srímatí Radharaní azért imádkozott, hogy egy férfi formáját vehesse fel, mert így mindig társulhat Krisnával, anélkül, hogy a felnőttek megszidnák. Ez a vágya teljesült be Gadadhara Pandita formájában.
Körülbelül 1511-ben, röviddel Srí Caitanya sannyasa ceremóniája után, Gadadhara is sannyasát vett és Jagannatha Puríba költözött, hogy ott élje le élete hátralevő részét. Mahaprabhuval ellentétben, aki a mayavadí-sampradájában (tanítványi láncolatban) vette a sannyasat, Gadadhara tridandí (vaisnava)-sannyasí volt. Amikor Srí Caitanya 1513-ban visszatért Jagannatha Puríba, legelőször Tota-Gopínatha templomát látogatta meg, akinek Gadadhara Pandita volt a pujarija. A murti láttán Mahaprabhu nagy eksztázisba esett és elvesztette az eszméletét. Az örömteli találkozás után Gadadhara ételt főzött, felajánlotta a murtinak, majd a prasadaval megetette Srí Caitanyát és Nityanandát.
Gadadhara Pandita lelki tanítómestere Pundaríka Vidyanidhi volt, akit Mahaprabhu Premanidhinek (az istenszeretet óceánjának) nevezett. Pundaríka gazdag földbirtokos volt és Madhavendra Purí tanítványa. Látszólag ragaszkodott a fényűző ruhákhoz, előkelő életkörülményekhez és a pompás ételekhez, és ez elsőre meg is tévesztette Gadadhara Panditát. Mukunda Datta azonban, aki 1509-ben először bemutatta őket egymásnak, erősködött, hogy ez csak a látszat. Ennek bizonyítására Pundaríka jelenlétében elmondott egy verset a Srímad-Bhagavatamból, melynek hallatán Pundaríka Vidyanidhi a tiszta istenszeretet eksztázisába esett, szeméből könnyek patakzottak, testét remegés járta át, s ide-oda hempergett a földön. Hat teljes órának kellett eltelnie, mire visszanyerte külső tudatát.
Gadadhara Pandita megértette, hogy rosszul ítélte meg Vidyanidhi helyzetét és nagyon megbánta sértő gondolatait. Pundaríka emelkedett helyzete ugyanakkor arra inspirálta, hogy fogadja el őt gurujának. Ez cseppet sem meglepő, hiszen a Krisna-lílaban Pundaríka Maharaja Vrisabhanu, Srímatí Radharaní édesapja.
1513-ban Pundaríka Vidyánidhi másodszor is felavatta Gadadharát. Nem sokkal avatása után Gadadhara Prabhu a ksetra-sannyasa fogadalmát tette, melynek értelmében élete hátralévő részében nem hagyhatta el Jagannatha Purít. Jagannatha temploma melletti Yamesvara-tota nevű helyen telepedett le, és Tota Gopínatha murtijának papja lett. Később azt is megfogadta, hogy soha életében nem fogja feladni a murti imádatát.
1511-ben Mahaprabhu útnak indult, hogy meglátogassa Vrindavanat. Gadadhara Pandita természetesen vele akart menni. Srí Caitanya azonban emlékeztette fogadalmaira. Gadadhara mérgesen válaszolt:
– Te vagy az én Gopínatham , és akárhová mész, ott van Purí.
– De az emberek azt fogják gondolni, hogy megszegted a fogadalmadat. Hogyan mutatsz példát nekik? – ellenkezett Srí Caitanya.
– Nem érdekel, én magam leszek felelős érte.
Gadadhara Pandita egészen Katakaig kísérte az Urat, és ott Srí Caitanya végre meggyőzte, hogy forduljon vissza.
Srí Vallabhacarya (1481-1533), a Rudra-sampradaja vezetője szintén megfordult Puríban, ahol tanultságát fitogtatva, fel akarta olvasni a Srímad-Bhagavatamhoz fűzött saját magyarázatát Srí Caitanja Mahaprabhu előtt.
– Magyarázatomban megcáfoltam Srídhara Svami kommentárjait( aki történetesen ugyanazon sampradaja tagja volt kb. 200 évvel előbb), mert ellentmondásosak – jelentette be büszkén.
– Aki elutasítja a Svamit – (a szó másik jelentése: Férj) -, azt prostituáltnak nyilvánítom. – válaszolta Srí Caitanya Mahaprabhu.
Srí Caitanya és Gadadhara Pandita kegyéből azonban nemsokára megszabadult büszkeségétől és Caitanya őszinte követőjévé vált, aki azt javasolta neki, hogy vegyen menedéket Gadadhara Panditanál. Így Gadadhara lett Vallabhacarya guruja.
1534-ben, eltávozása előtt Srí Caitanya Mahaprabhu arra kérte Gadadharát, hogy várjon még egy évet, mielőtt csatlakozna Hozzá örök lílájában, mert azt akarta, hogy Srínivasa Acarya, aki
1535-ben érkezett meg Puríba, tőle hallhassa a Srímad-Bhagavatamot. A találkozás meg is történt, akadályt csupán az jelentett, hogy a kézzel másolt Bhagavatam-kötet lapjait Gadadhara Pandita és Maga Caitanya Mahaprabhu eksztatikus könnyei olvashatatlanra áztatták. Így Srínivasanak Bengálba kellett mennie, hogy egy újabb kötetet szerezzen, ám mire visszaért, Gadadhara Pandita elhagyta ezt a világot. Valójában Gadadhara Prabhu a saját személyes példájával tanította a Srímad-Bhagavatamra Srínivasat. Utolsó napjait Srí Gadadhara Tota-Gopínatha imádatával töltötte. A murti jelenleg ülő helyzetben található. Ennek az a magyarázata, hogy öregkorában Gadadhara már nem érte föl az álló murtit, és így nem tudta feladni Rá a virágfüzért. Ekkor a murti leült, hogy bhaktája dolgát megkönnyítse.
Gadadhara Pandita eltávozásának körülményeiről nem tudunk sokat, csupán azt, hogy 1535-ben történt.